Die Organe der Stiftung sind der Stiftungsrat und die Geschäftsführung
Der Stiftungsrat besteht aus fünf Mitgliedern. Die Amtszeit beträgt fünf Jahre. Eine erneute Bestellung ist, auch mehrfach, möglich. Der Vorsitzende des Stiftungsrates ist der Bischof von Eichstätt oder im Falle der Vakanz oder Behinderung des bischöflichen Stuhls der Administrator der Diözese Eichstätt. Die weiteren Mitglieder des Stiftungsrates werden vom Bischof von Eichstätt berufen und entlassen.
Die Stiftung hat einen oder mehrere, gegebenenfalls stellvertretende Geschäftsführer. Diese führen unter Beachtung der staatlichen und kirchlichen Gesetze, der Satzung und der Geschäftsordnung eigenverantwortlich die Geschäfte der Stiftung und vollziehen die Beschlüsse des Stiftungsrates, soweit die Satzung nichts anderes festlegt. Der Geschäftsführer vertritt die Stiftung gerichtlich und außergerichtlich; mehrere Geschäftsführer vertreten, sofern es sich nicht um stellvertretende Geschäftsführer handelt, gemeinschaftlich zu zweit. Der Stiftungsrat kann einem Geschäftsführer Einzelvollmacht oder Gesamtvollmacht zusammen mit einem stellvertretenden Geschäftsführer erteilen.